La Madrague de Giens est une fouille sous-marine emblématique du Centre Camille Jullian. L'épave est découverte en 1967, mais les campagnes de fouilles débutent en 1972 et s'étalent jusqu'en 1982, sous la co-direction d'André Tchernia et Patrice Pomey. Cette fouille a affirmé les techniques d'archéologie sous-marine. Ces archives retracent l'histoire de la fouille, scientifiquement et administrativement, depuis la découverte et la prospection, jusqu'aux projets et études réalisées après l'arrêt des campagnes de fouille. Elles sont une source d'informations concernant le déroulement administratif de la fouille ainsi que les nécessités financières et matérielles. Ce sous-fonds retrace également le déroulement scientifique des campagnes de fouille et l'étude de la cargaison de l'épave. Une grande partie des documents relatent la portée de la fouille en terme de valorisation, avec les différents projets de musées ainsi que les colloques internationaux et les publications. Ce sous-fonds représente une source historiographique et scientifique particulièrement complète sur toutes les campagnes de fouilles et les études qui en découlent.
Colloques: correspondance, ordre de mission. Projets de musées: correspondance, coupures de presse, note, rapport, catalogues, études, comptes-rendus de commissions, dossier de presse, plans.
Ces trois dossiers relatent les études poursuivies après la fouille, les démarches de valorisation avec notamment le projet de musée sous-marin "Archéoscope", et la gestion du mobilier avec les affaires de vols d'amphores survenues en 1985.