Ces documents relatent la découverte de l'épave et la prospection. Les documents administratifs sont une source d'informations sur les moyens matériels de découverte de l'épave et la collaboration avec l'Ecole de Plongée de la Marine Nationale. Les documents scientifiques exposent les techniques de prospection ainsi que le mobilier découvert.

La Madrague de Giens est une fouille sous-marine emblématique du Centre Camille Jullian. L'épave est découverte en 1967, mais les campagnes de fouilles débutent en 1972 et s'étalent jusqu'en 1982, sous la co-direction d'André Tchernia et Patrice Pomey. Cette fouille a affirmé les techniques d'archéologie sous-marine.
Ces archives retracent l'histoire de la fouille, scientifiquement et administrativement, depuis la découverte et la prospection, jusqu'aux projets et études réalisées après l'arrêt des campagnes de fouille. Elles sont une source d'informations concernant le déroulement administratif de la fouille ainsi que les nécessités financières et matérielles. Ce sous-fonds retrace également le déroulement scientifique des campagnes de fouille et l'étude de la cargaison de l'épave. Une grande partie des documents relatent la portée de la fouille en terme de valorisation, avec les différents projets de musées ainsi que les colloques internationaux et les publications.
Ce sous-fonds représente une source historiographique et scientifique particulièrement complète sur toutes les campagnes de fouilles et les études qui en découlent.

-Marchés avec les fournisseurs de matériel marin : catalogue, plan

-Concours de la Marine Nationale : correspondance avec le Ministère des Affaires Culturelles et l’Ecole de Plongée de la Marine Nationale

• Prospection et découverte de l’épave: plan de repérage topographique, relevés topographiques, photographies

• Formation en plongée: circulaire

• Prospection magnétique de la Madrague: article

Fouilles et programmes de recherche: rapports, procès verbal, note.

Fouille de 1972 à 1982: clichés aux divers formats.

carnets de fouille: carnets, minutes sur calque.
Rapports de fouille: documents papiers.
Méthode de fouille: notes.

Ces dossiers de photographies relatent la fouille: l’étude du mobilier et de l’épave in-situ et hors de l’eau, le déroulement de la fouille sous l'eau et à terre (reportage).

Etudes d’ensembles : clichés aux divers formats.

Cette série regroupe les dossiers relatifs à toute la période des campagnes de fouilles. Ces dossiers se composent des documents relatifs à l'administration de la fouille: les financements, la vie quotidienne, les participants à la fouille. Les documents scientifiques concernent l'étude du site dans son ensemble, et du mobilier archéologique. Les autres dossiers relatent la valorisation de la fouille et des études qui en découlent.

Mobilier: cahiers d’inventaire quotidien.

Répartition des amphores: plans des numéros, vues en coupes.
Amphores et inscriptions : dessins.

Réglementation et formations: correspondance, circulaires, certifications, journal officiel, instructions, feuilles de plongée.